一．另行签订的合同背离中标合同的实质性内容的禁止性规定
《招标投标法》第46条确立了招标人与中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同的命令性规则以及招标人与投标人不得订立背离合同实质性内容的协议的禁止性规则。《招标投标法实施条例》第57条主要区分了实质性内容和非实质性内容。
《建设施工合同司法解释（一）》第2条规定：招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。
《建设施工合同司法解释（一）》第23条规定：发包人将依法不属于必须招标的建设工程进行招标后，与承包人另行订立的建设工程施工合同背离中标合同的实质性内容，当事人请求以中标合同作为结算建设工程价款依据的，人民法院应予支持。但发包人与承包人因客观情况发生了在招标投标时难以预见的变化而另行订立建设工程施工合同的除外。
二．实质性内容的认定
工程施工合同履约周期长、不确定因素多、影响范围广，故施工合同的实质性条款变化是必然的。法律只是禁止在合同签订过程中，客观因素没有发生大的改变情况下，为规避法律另行订立根本违背中标合同实质性内容的合同，但并不否认在合同履行过程中由于客观情况变化的依法变更。
《招标投标法》第46条规定的“合同实质性内容”主要包括合同工期、工程价款、工程项目性质等；《招标投标实施条例》将实质性内容界定为“标的、价款、质量、履行期限等”。因“工程项目性质”并非规范表述、其内涵与外延并不明确。《建设工程施工合同司法解释（一）》将合同实质性内容所列举的条款表述为：工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容。
三．属于实质性内容变更的情形
把握实质性内容的变更，应注意变更幅度的把握、“黑白合同”与正常合同的界限等工程具体问题。
1.中标合同履行期间，双方另行签订变更计价方式和付款方式的协议，属于变更实质性内容。
2.招标前另行签订的协议，若支付方式、结算方式、工程工期与中标合同明显不同，属于背离实质性内容。另外此种情况还可能涉嫌串通投标，可能导致中标合同无效。
3.对工程范围进行变更，由此引起的工程价款及工期变化属于合理调整，但工程款的计价标准和支付方式不应改变，否则属于变更实质性内容。
4.中标合同履行期间，另行签订对合同总价进行让利协议的，属于实质性变更。
四．不属于实质性内容变更的情形
1.为赔偿一方停工损失而对工程价款结算方式进行变更约定，属于合同履行过程中的正常变更。
2.固定总价合同，另行变更为固定单价合同，但合同价格差异不大，此等计价方式及价款金额产生于关于工程量的磋商与确认，不属于变更实质性内容。
3.中标后，在施工合同中增加违约金限额条款，不属于改变实质性内容。
4.履约保证金的提交期限，不属于中标合同的实质性内容。
5.结算阶段另行签订结算文件，该结算文件与施工合同约定不一致的，不属于变更实质性内容。
6.招标前签订的预约合同，不属于另行签订变更实质性内容协议。