思想统一
秦朝为了确保他的统治，采纳李斯的建议，采取严酷的政策。除了秦朝史书，医书、药书、农牧、卜筮之书外，其他一切史书、百家之说和其他文献都全部予以焚毁。任何个人想读书，都要“以吏为师”。
秦朝因为他的严酷统治迅速灭亡。汉朝兴起后，许多古代文献和百家著作重见天日。汉武帝采纳董仲舒的建议，颁令以儒家为国家正统之学，其中“六经”占统治地位。这成为此后中国历史开科取士的基础。在这过程中，儒家吸收了不少其他各家的思想。
孔子在汉代思想界的地位
汉代尊崇孔子，把《诗》《书》《礼》《乐》《易》《春秋》奉为孔子所作，称“六经”。又依“六经”作“六纬”。纬书乃汉朝所作，假托孔子。
纬书中孔子被抬到他在中国历史中巅峰的地位。春秋纬《汉含孳》写道：“孔子曰：丘览史记，援引古图，推集天变，为汉帝制法。”另《演孔图》中称孔子是黑帝大神的儿子，曾经行许多神迹。
此后不久，儒家中更现实和理性的一派反对把孔子神化，认为他只是继承古代文化的遗产，赋予它新的思想，使它得以流传后代。
汉代经学中古文学派和新文学派之争
古文学派声称他们找到“秦燹”之前的古籍，他们尊崇以古文写成的经书；今文学派大多是董仲舒的追随者，尊崇以汉代流行文字写成的经书。
这两派的争论成为中国学术史上的一场大争论。
冯友兰大师认为：今文学派是早期儒家以孟子为首的理想主义一翼的继续；古文学派则是以荀子为首的现实主义一翼的继续。
孟子和董仲舒都认为《春秋》是孔子所作。他说：“孔子惧，作《春秋》；《春秋》，天子之事也。是故孔子曰：‘知我者其惟《春秋》乎？罪我者其惟《春秋》乎？’”。他们在人性学说上的差别也不大。
古文学派学者在宇宙观方面与荀子和道家一样，都抱着一种自然主义的宇宙观。
扬雄和王充
西汉末年到东汉初的古文学派学者扬雄（公元前53年至公元18年）所著《太玄》很大程度受到《老子》和《易经》中“反者道之用”的影响。
古文学派最大的思想家应推王充（公元27年至约公元100年），他的主要著作《论衡》充满了对各种偶像的科学怀疑主义精神。他说：“事莫明于有效，论莫定于有证”。
他在《论衡.谴告篇》中说：“夫天道，自然也，无为。如谴告人，是有为，非自然也。黄老之家，论说天道，得其实矣。”
在《论衡.变动篇》中说：“人在天地之间，犹蚤虱之在衣裳之内，蝼蚁之在穴隙之中。蚤虱蝼蚁为顺逆横从，能令衣裳穴隙之间气变动乎？蚤虱蝼蚁不能，而独谓人能，不大物气之理也。”